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Esta seccion resume que contiene InverPep, como interpretar sus datos y que herramientas externas pueden complementar tu analisis.

Referencia

Documentacion y conceptos clave de InverPep

6 secciones disponibles
InverPep Que es la base de datos y que informacion incluye.

InverPep posee actualmente 702 AMPs experimentalmente validados provenientes de diferentes especies de invertebrados de los filos Artropodos, Moluscos, Nematodos, Anelidos, Equinodermos, Platelmintos, Placozoa, Hydradae y el subfilo Tunicata.

Cada registro integra informacion general, propiedades fisicoquimicas, actividad antimicrobiana y enlaces externos a la bibliografia asociada.

CALCAMPI Que calcula y que necesitas para usarla.

CALCAMPI es una herramienta para calcular propiedades fisicoquimicas de multiples peptidos al tiempo. Calcula peso molecular, carga neta a pH neutro, hidrofobicidad, indice de Boman, indice alifatico, punto isoelectrico y porcentaje de aminoacidos hidrofobicos.

Puedes analizar peptidos copiados desde la plataforma o cargar un archivo FASTA con la lista a procesar.

Obtencion de datos Como se calculan las principales propiedades.
Peso molecular

Suma de las masas molares de los aminoacidos que conforman el peptido.

Carga neta

Se calcula con valores de pKa tomados de Lehninger y se reporta a pH neutro.

Hidrofobicidad

Gran promedio del valor de hidrofobicidad de Kyte-Doolittle dividido por el numero de residuos.

Indice de Boman e indice alifatico

Se usan energias libres de transferencia y porcentajes molares segun los modelos bibliograficos citados.

Punto isoelectrico

Es el pH en el que la carga neta total del peptido es igual a cero.

Ecuacion de carga neta
Ecuacion para el calculo de carga neta.
Indice alifatico
Ecuacion usada para el indice alifatico.
Glosario Definiciones clave para leer los registros.
AMP

Peptidos antimicrobianos con actividad frente a algun microorganismo.

Actividad

Accion principal sobre un grupo de microorganismos, por ejemplo antiviral o antifungico.

Codigo InverPep

Identificador asignado por la base de datos para cada registro.

Especie de origen

Organismo del que se obtuvo el peptido.

Estructura secundaria

Plegamiento predominante del peptido, como helice alfa u otras conformaciones.

Tamano

Numero de aminoacidos que conforman la secuencia.

Como citar InverPep Referencia recomendada para trabajos y publicaciones.

Citacion sugerida

Gomez EA, Giraldo P, Orduz S. InverPep: a database of invertebrates antimicrobial peptides. J Glob Antimicrob Resist 2017; 8:13-17.

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